Kluczowym czynnikiem zapobiegającym rozprzestrzenianiu się kokcydiozy jest zachowanie odpowiedniej higieny hodowli. Regularna dezynfekcja pomieszczeń preparatami bójczymi wobec pasożytów wywołujących kokcydiozę u drobiu pomaga zredukować zagrożenie infekcji oocystami w budynkach inwentarskich.